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L’espèce modèle de laboratoire, la méduse Clytia hemisphaerica est analysée pour definir des profils transcriptomiques de différents types de cellules à différents stades larvaires (planula) et de structures et organes de méduses adultes, afin de produire, par hybridation in situ, des cartes de types cellulaires connus et pour identifier potentiellement des types cellulaires particuliers liés à des stades donnés de la méduse.
Ce projet est centré sur l’identification et la caractérisation des cellules et des signaux moléculaires responsables de la médiation de la fixation et la différenciation des larves de cnidaires (nommées « planula »). Cette étude compare deux principales clades de cnidaires : la méduse Clytia hemisphaerica (médusozoaire) et le corail Pocillopora acuta/damicornis (anthozoaire). En raison de la position phylogénétique clé des cnidaires en tant que groupe frère des bilatériens et des implications développementales et écologiques cruciales de la transition de la larve à l’adulte, une compréhension détaillée de cette réponse chez les cnidaires est susceptible de faire la lumière sur une variété de questions fonctionnelles, évolutives et écologiques.
Dans le contexte de l’adaptation génétique des espèces à leurs environnements dans un contexte évolutif, au niveau bioinformatique, les données de séquençage sont analysées pour produire des prédictions de gènes sur des assemblages de-novo et ainsi explorer les caractéristiques des espèces, notamment par de la macro-synteny et de la phylogénomique, en particulier sur des vers polychètes de type Alvinella pompeijana.
Laboratoire de Biologie du Développement UMR 7009
Cette UE se déroule sur 2 semaines et a lieu au laboratoire de Biologie du Développement de Villefranche -sur-Mer (LBDV). Elle inclut l’examen de l’UE d’analyse scientifique (5V089) suivie par les étudiants de la spécialité de Biologie du Développement.
Durant la 1ère semaine, les étudiants participent à des ateliers et des rencontres avec les chercheurs du laboratoire.
Durant la 2ème semaine, les étudiants sont répartis dans les équipes pour y réaliser un mini projet qu’ils présentent le dernier jour du cours. Le cours est donné en anglais pour tout ou partie.
Modalités d’évaluation
Présentation orale du mini-projet (binôme, 100 %)
UE en anglais (partiellement ou totalement)
Master BMC, S3, 6 ECTS
Code UE: 5V200
Responsable de l’UE: Carine BARREAU (MCU): carine.barreau [at] obs-vlfr.fr
Cette UE permet aux étudiants de 1ère année de Master de passer 2 semaines à l’Observatoire Océanologique de Villefranche-sur-Mer. Le cours est obligatoire pour les étudiants du Master Biologie Intégrative, parcours Biologie et Bioressources Marines (BBMA) tandis qu’il peut être choisi en option par les étudiants du Master Biologie Moléculaire et Cellulaire (BMC). Les étudiants participent à des ateliers de présentation des organismes marins utilisés par les équipes de recherche du laboratoire (LBDV) et apprennent à les manipuler au cours de travaux pratiques dont les thématiques vont de la Biologie du Développement fondamentale à la toxicologie appliquée.
Modalités d’évaluation
Analyse d’article et présentation orale (50%)
Compte-rendu écrit de TP (50%)
UE partiellement en anglais
Master BIP, S2, 6 ECTS
Code UE: 4B022 (ouverte au Master BMC)
Responsable de l’UE: Carine BARREAU (MCU): carine.barreau [at] obs-vlfr.fr
Cette UE complémentaire se déroule sur 2 semaines et permet aux étudiants de découvrir les différents aspects (métiers & recherche) de l’Observatoire Océanologique de Villefranche-sur-Mer (OOV). Ateliers et journal clubs sont organisés afin que les étudiants mettent en pratique leurs connaissances théoriques en biologie et développent leur capacité de communication scientifique en français et en anglais.