Evolution des Génomes et des Protéines Animales
Responsable de l'équipe: Richard Copley

Activités de recherche

Notre équipe s’intéresse à la reconstitution des propriétés ancestrales du règne animal à travers l’analyse des génomes, des structures macromoléculaires et des interactions moléculaires. Nous nous intéressons particulièrement aux animaux non-bilatériens : les cnidaires, les Trichoplax, les cténophores et les éponges, mais surtout les cnidaires et quelle est la nature précise de l’ancêtre commun aux cnidaires et aux bilatériens. Nous utilisons et développons des méthodes computationnelles pour analyser les données du génome, du transcriptome et de la structure moléculaire, et collaborons pour produire des ressources de séquences informatives à partir de nouveaux taxons.

Les Projets de l'équipe​

L’espèce modèle de laboratoire, la méduse Clytia hemisphaerica est analysée pour definir des profils transcriptomiques de différents types de cellules à différents stades larvaires (planula) et de structures et organes de méduses adultes, afin de produire, par hybridation in situ, des cartes de types cellulaires connus et pour identifier potentiellement des types cellulaires particuliers liés à des stades donnés de la méduse.

Ce projet est centré sur l’identification et la caractérisation des cellules et des signaux moléculaires responsables de la médiation de la fixation et la différenciation des  larves de cnidaires (nommées « planula »). Cette étude  compare deux principales clades de cnidaires : la méduse Clytia hemisphaerica (médusozoaire) et le corail Pocillopora acuta/damicornis (anthozoaire). En raison de la position phylogénétique clé des cnidaires en tant que groupe frère des bilatériens et des implications développementales et écologiques cruciales de la transition de la larve à l’adulte, une compréhension détaillée de cette réponse chez les cnidaires est susceptible de faire la lumière sur une variété de questions fonctionnelles, évolutives et écologiques.

Dans le contexte de l’adaptation génétique des espèces à leurs environnements dans un contexte évolutif, au niveau bioinformatique, les données de séquençage sont analysées pour produire des prédictions de gènes sur des assemblages de-novo et ainsi explorer les caractéristiques des espèces, notamment par de la macro-synteny et de la phylogénomique, en particulier sur des vers polychètes de type Alvinella pompeijana.

Avec http://www.marimba.obs-vlfr.fr, nous promouvons l’accès à un  ensemble complémentaire de modèles de métazoaires marins sélectionnés spécialement pour la biologie du développement et la biologie cellulaire. Les espèces marines se sont depuis longtemps révélées être des modèles adaptés pour la compréhension de nombreux phénomènes cellulaires, notamment les réseaux de régulation des gènes qui sous-tendent les transitions cellulaires et développementales, la fécondation, la division cellulaire, la différenciation, la biologie des cellules souches, la morphogenèse, la régénération, le vieillissement et les réponses physiologiques. La promotion de modèles marins invertébrés dotés d’analyses et de prédictions informatiques contribuera de manière significative à réduire l’utilisation des vertébrés et en particulier des mammifères dans la recherche biomédicale.

 

 

Personnels Enseignants

Photo annuaire
Carine Barreau
Chercheur | SORBONNE UNIVERSITE
carine.barreau[at]imev-mer.fr
+33 (0) 4 93 76 39 73
Bâtiment Jean-Maetz

Master Biologie Moléculaire et Cellulaire

Parcours Biologie Cellulaire et du Développement & Cellules Souches

DEVELOPPEMENT DES ORGANISMES MARINS (DOMO)

Cette UE se déroule sur 2 semaines et a lieu au laboratoire de Biologie du Développement de Villefranche -sur-Mer (LBDV). Elle inclut l’examen de l’UE d’analyse scientifique (5V089) suivie par les étudiants de la spécialité de Biologie du Développement.

Durant la 1ère semaine, les étudiants participent à des ateliers et des rencontres avec les chercheurs du laboratoire.

Durant la 2ème semaine, les étudiants sont répartis dans les équipes pour y réaliser un mini projet qu’ils présentent le dernier jour du cours. Le cours est donné en anglais pour tout ou partie.

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Modalités  d’évaluation

Présentation orale du mini-projet (binôme, 100 %)  

UE en anglais (partiellement ou totalement)

Master BMC, S3, 6 ECTS

Code UE: 5V200

Responsable de l’UE: Carine BARREAU (MCU): carine.barreau [at] obs-vlfr.fr

Master Biologie Intégrative & Physiologie

Parcours Biologie et Bioressources Marines (BBMA)

ORGANISMES MARINS & MODELES BIOLOGIQUES

Cette UE permet aux étudiants de 1ère année de Master de passer 2 semaines à l’Observatoire Océanologique de Villefranche-sur-Mer. Le cours est obligatoire pour les étudiants du Master Biologie Intégrative, parcours Biologie et Bioressources Marines (BBMA) tandis qu’il peut être choisi en option par les étudiants du Master Biologie Moléculaire et Cellulaire (BMC). Les étudiants participent à des ateliers de présentation des organismes marins utilisés par les équipes de recherche du laboratoire (LBDV) et apprennent à les manipuler au cours de travaux pratiques dont les thématiques vont de la Biologie du Développement fondamentale à la toxicologie appliquée.

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Modalités  d’évaluation

Analyse d’article et présentation orale (50%)

Compte-rendu écrit de TP (50%)  

UE partiellement en anglais

Master BIP, S2, 6 ECTS

Code UE: 4B022 (ouverte au Master BMC)

Responsable de l’UE: Carine BARREAU (MCU): carine.barreau [at] obs-vlfr.fr

Licence de Sciences de la Vie

Parcours Biologie et Bioressources marines

Biologie Des Organismes Marins Et Diversité Des Recherches

Cette UE complémentaire se déroule sur 2 semaines et permet aux étudiants de découvrir les différents aspects (métiers & recherche) de l’Observatoire Océanologique de Villefranche-sur-Mer (OOV). Ateliers et journal clubs sont organisés afin que les étudiants mettent en pratique leurs connaissances théoriques en biologie et développent leur capacité de communication scientifique en français et en anglais.

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