informatique
Un service à la recherche I4

Projets nationaux et régionaux

L’Agence nationale de la recherche (ANR) a lancé en 2019 un appel Flash science ouverte sur les pratiques de recherche et les données ouvertes. Parmi les 25 projets sélectionnés, nous sommes heureux de mentionner le projet porté par l’IFB, maDMP4LS : a machine-actionable DMP for Life Sciences auquel est associée l’équipe DMP OPIDoR de l’Inist-CNRS. 

L’objectif est de rendre les plans de gestion de données (ou Data Management Plans, DMP) produits via les applications DMP OPIDoR et DSW (Data Stewardship Wizard) lisibles non seulement par les humains mais aussi par les machines et ainsi automatiser certaines étapes de renseignements du DMPs et de mise en œuvre de la gestion des données.

Un projet de « PGD structure bioimagerie », porté par et réalisé conjointement avec les Infrastructures Nationales en Biologie Santé (INBS) « France-BioImaging » (FBI), « Institut Français de Bioinformatique » (IFB), et « le Centre National De Ressources Biologiques Marines » (EMBRC-France), ainsi que l’Université Côte d’Azur, est en cours d’élaboration.

Il s’agit de mettre en place une ressource nationale mutualisée pour le calcul, le stockage et l’intégration des données Le paysage des infrastructures de calcul et stockage en bioinformatique change très rapidement. L’Institut Français de Bioinformatique est lauréat d’un projet d’équipement du PIA3, doté de 16,5M€, qui démarre cette année 2021.

L’IFB a soumis un ambitieux projet ​Mutualised Digital Spaces for FAIR data in Life and Health Sciences (MuDiS4SL) regroupant 39 équipes de 14 organismes, 4 data centres nationaux (IDRIS, CCIN2P3, CINES et TGCC), 7 data centres régionaux, ainsi que 6 infrastructures nationales productrices de données (​France Bioimaging​, ​France Life Imaging​, ​France Génomique​, ​EMBRC France​, ​FRISBI​, ​Phenomin​).

Au sein de ce projet porté l’infrastructure EMBRC-France et la FR GO-SEA (Tara), le service I4 sera plus particulièrement en charge de mettre en place une solution de stockage, de calcul et de gestion des images pour l’utilisation d’un microscope a feuille de lumiere (SPIM) pour observer le vivant en 3D et en profondeur.

– Stockage et sécurisation des données
– Optimiser les flux des données : (centraliser les données dès l’acquisition, disposer d’une infrastructure physique adaptée, optimisation du réseau, faciliter l’accès et la récupération des données …)
– Optimiser les moyens de traitement et d’analyse des données

Pour faire face à l’augmentation d‘images générées en sciences de la vie, l’équipe à l’origine du projet MutImage a déployé OMERO, une solution logicielle permettant la visualisation et la gestion d’images de microscopie, sur l’infrastructure cloud de l’IFB. Cet outil, conçu pour le partage des images, permet aussi à la communauté locale de bénéficier plus largement des outils d’analyse d’images développés sur la plateforme MICA (Microscopie imagerie Côte d’Azur) et de les coupler à la puissance de traitement des images disponible dans le cloud de l’IFB (grande taille mémoire et nombre de processeurs).

En 2020, le Cristal collectif du CNRS a été décerné à Sophie ABELANET (IPMC-CNRS), Faisal BEKKOUCHE (Laboratoire de Biologie du Développement/IMEV), Christophe BLANCHET (IFB), Frédéric BRAU (IPMC-CNRS) et Sameh BEN AICHA (UCA-IMEV) pour leur collaboration et le travail réalisé dans le projet Multimage.

Dans le cadre de l’innovation sur les voies de signalisation cellulaires (Labex Signalife), la plateforme de microscopie régionale MICA met a disposition de la déconvolution pour tous les instituts en science de la vie de l’UCA en lien avec la BDD Omero avec le logiciel Huygens et son module Core.

 

 

Personnels Enseignants

Photo annuaire
Carine Barreau
Chercheur | SORBONNE UNIVERSITE
carine.barreau[at]imev-mer.fr
+33 (0) 4 93 76 39 73
Bâtiment Jean-Maetz

Master Biologie Moléculaire et Cellulaire

Parcours Biologie Cellulaire et du Développement & Cellules Souches

DEVELOPPEMENT DES ORGANISMES MARINS (DOMO)

Cette UE se déroule sur 2 semaines et a lieu au laboratoire de Biologie du Développement de Villefranche -sur-Mer (LBDV). Elle inclut l’examen de l’UE d’analyse scientifique (5V089) suivie par les étudiants de la spécialité de Biologie du Développement.

Durant la 1ère semaine, les étudiants participent à des ateliers et des rencontres avec les chercheurs du laboratoire.

Durant la 2ème semaine, les étudiants sont répartis dans les équipes pour y réaliser un mini projet qu’ils présentent le dernier jour du cours. Le cours est donné en anglais pour tout ou partie.

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Modalités  d’évaluation

Présentation orale du mini-projet (binôme, 100 %)  

UE en anglais (partiellement ou totalement)

Master BMC, S3, 6 ECTS

Code UE: 5V200

Responsable de l’UE: Carine BARREAU (MCU): carine.barreau [at] obs-vlfr.fr

Master Biologie Intégrative & Physiologie

Parcours Biologie et Bioressources Marines (BBMA)

ORGANISMES MARINS & MODELES BIOLOGIQUES

Cette UE permet aux étudiants de 1ère année de Master de passer 2 semaines à l’Observatoire Océanologique de Villefranche-sur-Mer. Le cours est obligatoire pour les étudiants du Master Biologie Intégrative, parcours Biologie et Bioressources Marines (BBMA) tandis qu’il peut être choisi en option par les étudiants du Master Biologie Moléculaire et Cellulaire (BMC). Les étudiants participent à des ateliers de présentation des organismes marins utilisés par les équipes de recherche du laboratoire (LBDV) et apprennent à les manipuler au cours de travaux pratiques dont les thématiques vont de la Biologie du Développement fondamentale à la toxicologie appliquée.

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Modalités  d’évaluation

Analyse d’article et présentation orale (50%)

Compte-rendu écrit de TP (50%)  

UE partiellement en anglais

Master BIP, S2, 6 ECTS

Code UE: 4B022 (ouverte au Master BMC)

Responsable de l’UE: Carine BARREAU (MCU): carine.barreau [at] obs-vlfr.fr

Licence de Sciences de la Vie

Parcours Biologie et Bioressources marines

Biologie Des Organismes Marins Et Diversité Des Recherches

Cette UE complémentaire se déroule sur 2 semaines et permet aux étudiants de découvrir les différents aspects (métiers & recherche) de l’Observatoire Océanologique de Villefranche-sur-Mer (OOV). Ateliers et journal clubs sont organisés afin que les étudiants mettent en pratique leurs connaissances théoriques en biologie et développent leur capacité de communication scientifique en français et en anglais.

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