informatique
Un service à la recherche I4

OMERO

Le but est de fournir une base informatique fonctionnelle (OMERO) à tous les laboratoires des sciences de la vie azuréens et aux 3 stations marines de EMBRC-France pour faciliter la gestion, le partage et l’analyse des images biologiques et pour promouvoir et stimuler l’analyse quantitative des données.

L'équipe

Ce projet est porté par 5 ingénieurs et responsables des services numériques de Bio-imagerie d’Université Côte d’Azur, d’EMBRC-FR et de l’IFB : Sophie ABELANET, Faisal BEKKOUCHE, Sameh BEN AICHA, Christophe BLANCHET et Frédéric BRAU.

Une belle récompense

Cette équipe a reçu un cristal du CNRS pour le projet en appui direct à la recherche .
Le cristal collectif distingue des équipes de personnels d’appui à la recherche, ayant mené des projets dont la maîtrise technique, la dimension collective, les applications, l’innovation et le rayonnement sont particulièrement remarquables. Cette distinction est décernée dans deux catégories : « appui direct à la recherche » et « accompagnement de la recherche ».

Accès à la base de données

Omero Insight, une application d’Omero à installer sur votre ordinateur. Avec Omero Insight vous trouverez toutes les fonctionnalités d’Omero y compris l’importation des images.

ATTENTION, sélectionnez cette adresse : bioimage.france-bioinformatique.fr pour l’utilisation d’OMERO Insight.
La version compatible à télécharger est 5.5.17

OMERO TIPS

Merci à Sophie ABELANET (IPMC-CNRS) pour la création des OMERO Tips and Tricks gifs réalisés chaque mois !

Fiji Omero plugin (1/3) - Installation

Fiji Omero plugin (2/3) - Basic options

Fiji Omero plugin (3/3) - Batch your image

Enrich your image information - OMERO Web 1/3

Enrich your image information - OMERO Insight 2/3

Enrich your image information - With the voxel size 3/3

How to locally download images (1/3) - Omero.web

How to locally download images (2/3) - Omero.insight

How to locally download images (3/3) - Script on Omero.web

Omero.viewer - Basic Options (2/4) - How to play with the image visualization

Omero.viewer - Settings tab (3/4) - How to play with the image visualization

Omero.viewer - ROI tab (4/4) - How to play with the image visualization

One way (1/2) to highlight multi-zoomed regions

One way (2/2) to highlight multi-zoomed regions

Optimize the TIFF import & display of large images by an IMS conversion

Omero.insight - How to make a movie

Personnels Enseignants

Photo annuaire
Carine Barreau
Chercheur | SORBONNE UNIVERSITE
carine.barreau[at]imev-mer.fr
+33 (0) 4 93 76 39 73
Bâtiment Jean-Maetz

Master Biologie Moléculaire et Cellulaire

Parcours Biologie Cellulaire et du Développement & Cellules Souches

DEVELOPPEMENT DES ORGANISMES MARINS (DOMO)

Cette UE se déroule sur 2 semaines et a lieu au laboratoire de Biologie du Développement de Villefranche -sur-Mer (LBDV). Elle inclut l’examen de l’UE d’analyse scientifique (5V089) suivie par les étudiants de la spécialité de Biologie du Développement.

Durant la 1ère semaine, les étudiants participent à des ateliers et des rencontres avec les chercheurs du laboratoire.

Durant la 2ème semaine, les étudiants sont répartis dans les équipes pour y réaliser un mini projet qu’ils présentent le dernier jour du cours. Le cours est donné en anglais pour tout ou partie.

Voir la fiche UE

Modalités  d’évaluation

Présentation orale du mini-projet (binôme, 100 %)  

UE en anglais (partiellement ou totalement)

Master BMC, S3, 6 ECTS

Code UE: 5V200

Responsable de l’UE: Carine BARREAU (MCU): carine.barreau [at] obs-vlfr.fr

Master Biologie Intégrative & Physiologie

Parcours Biologie et Bioressources Marines (BBMA)

ORGANISMES MARINS & MODELES BIOLOGIQUES

Cette UE permet aux étudiants de 1ère année de Master de passer 2 semaines à l’Observatoire Océanologique de Villefranche-sur-Mer. Le cours est obligatoire pour les étudiants du Master Biologie Intégrative, parcours Biologie et Bioressources Marines (BBMA) tandis qu’il peut être choisi en option par les étudiants du Master Biologie Moléculaire et Cellulaire (BMC). Les étudiants participent à des ateliers de présentation des organismes marins utilisés par les équipes de recherche du laboratoire (LBDV) et apprennent à les manipuler au cours de travaux pratiques dont les thématiques vont de la Biologie du Développement fondamentale à la toxicologie appliquée.

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Modalités  d’évaluation

Analyse d’article et présentation orale (50%)

Compte-rendu écrit de TP (50%)  

UE partiellement en anglais

Master BIP, S2, 6 ECTS

Code UE: 4B022 (ouverte au Master BMC)

Responsable de l’UE: Carine BARREAU (MCU): carine.barreau [at] obs-vlfr.fr

Licence de Sciences de la Vie

Parcours Biologie et Bioressources marines

Biologie Des Organismes Marins Et Diversité Des Recherches

Cette UE complémentaire se déroule sur 2 semaines et permet aux étudiants de découvrir les différents aspects (métiers & recherche) de l’Observatoire Océanologique de Villefranche-sur-Mer (OOV). Ateliers et journal clubs sont organisés afin que les étudiants mettent en pratique leurs connaissances théoriques en biologie et développent leur capacité de communication scientifique en français et en anglais.

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