Le but est de fournir une base informatique fonctionnelle (OMERO) à tous les laboratoires des sciences de la vie azuréens et aux 3 stations marines de EMBRC-France pour faciliter la gestion, le partage et l’analyse des images biologiques et pour promouvoir et stimuler l’analyse quantitative des données.
Ce projet est porté par 5 ingénieurs et responsables des services numériques de Bio-imagerie d’Université Côte d’Azur, d’EMBRC-FR et de l’IFB : Sophie ABELANET, Faisal BEKKOUCHE, Sameh BEN AICHA, Christophe BLANCHET et Frédéric BRAU.
Cette équipe a reçu un cristal du CNRS pour le projet en appui direct à la recherche .
Le cristal collectif distingue des équipes de personnels d’appui à la recherche, ayant mené des projets dont la maîtrise technique, la dimension collective, les applications, l’innovation et le rayonnement sont particulièrement remarquables. Cette distinction est décernée dans deux catégories : « appui direct à la recherche » et « accompagnement de la recherche ».
Voici le lien d’accès : https://bioimage.france-bioinformatique.fr/omero-mica/webclient/login/
Omero Insight, une application d’Omero à installer sur votre ordinateur. Avec Omero Insight vous trouverez toutes les fonctionnalités d’Omero y compris l’importation des images.
ATTENTION, sélectionnez cette adresse : bioimage.france-bioinformatique.fr pour l’utilisation d’OMERO Insight.
La version compatible à télécharger est 5.5.17
Merci à Sophie ABELANET (IPMC-CNRS) pour la création des OMERO Tips and Tricks gifs réalisés chaque mois !
Cette UE se déroule sur 2 semaines et a lieu au laboratoire de Biologie du Développement de Villefranche -sur-Mer (LBDV). Elle inclut l’examen de l’UE d’analyse scientifique (5V089) suivie par les étudiants de la spécialité de Biologie du Développement.
Durant la 1ère semaine, les étudiants participent à des ateliers et des rencontres avec les chercheurs du laboratoire.
Durant la 2ème semaine, les étudiants sont répartis dans les équipes pour y réaliser un mini projet qu’ils présentent le dernier jour du cours. Le cours est donné en anglais pour tout ou partie.
Modalités d’évaluation
Présentation orale du mini-projet (binôme, 100 %)
UE en anglais (partiellement ou totalement)
Master BMC, S3, 6 ECTS
Code UE: 5V200
Responsable de l’UE: Carine BARREAU (MCU): carine.barreau [at] obs-vlfr.fr
Cette UE permet aux étudiants de 1ère année de Master de passer 2 semaines à l’Observatoire Océanologique de Villefranche-sur-Mer. Le cours est obligatoire pour les étudiants du Master Biologie Intégrative, parcours Biologie et Bioressources Marines (BBMA) tandis qu’il peut être choisi en option par les étudiants du Master Biologie Moléculaire et Cellulaire (BMC). Les étudiants participent à des ateliers de présentation des organismes marins utilisés par les équipes de recherche du laboratoire (LBDV) et apprennent à les manipuler au cours de travaux pratiques dont les thématiques vont de la Biologie du Développement fondamentale à la toxicologie appliquée.
Modalités d’évaluation
Analyse d’article et présentation orale (50%)
Compte-rendu écrit de TP (50%)
UE partiellement en anglais
Master BIP, S2, 6 ECTS
Code UE: 4B022 (ouverte au Master BMC)
Responsable de l’UE: Carine BARREAU (MCU): carine.barreau [at] obs-vlfr.fr
Cette UE complémentaire se déroule sur 2 semaines et permet aux étudiants de découvrir les différents aspects (métiers & recherche) de l’Observatoire Océanologique de Villefranche-sur-Mer (OOV). Ateliers et journal clubs sont organisés afin que les étudiants mettent en pratique leurs connaissances théoriques en biologie et développent leur capacité de communication scientifique en français et en anglais.
