Projets nationaux et régionaux

L’Agence nationale de la recherche (ANR) a lancé en 2019 un appel Flash science ouverte sur les pratiques de recherche et les données ouvertes. Parmi les 25 projets sélectionnés, nous sommes heureux de mentionner le projet porté par l’IFB, maDMP4LS : a machine-actionable DMP for Life Sciences auquel est associée l’équipe DMP OPIDoR de l’Inist-CNRS. 

L’objectif est de rendre les plans de gestion de données (ou Data Management Plans, DMP) produits via les applications DMP OPIDoR et DSW (Data Stewardship Wizard) lisibles non seulement par les humains mais aussi par les machines et ainsi automatiser certaines étapes de renseignements du DMPs et de mise en œuvre de la gestion des données.

Un projet de « PGD structure bioimagerie », porté par et réalisé conjointement avec les Infrastructures Nationales en Biologie Santé (INBS) « France-BioImaging » (FBI), « Institut Français de Bioinformatique » (IFB), et « le Centre National De Ressources Biologiques Marines » (EMBRC-France), ainsi que l’Université Côte d’Azur, est en cours d’élaboration.

Il s’agit de mettre en place une ressource nationale mutualisée pour le calcul, le stockage et l’intégration des données Le paysage des infrastructures de calcul et stockage en bioinformatique change très rapidement. L’Institut Français de Bioinformatique est lauréat d’un projet d’équipement du PIA3, doté de 16,5M€, qui démarre cette année 2021.

L’IFB a soumis un ambitieux projet ​Mutualised Digital Spaces for FAIR data in Life and Health Sciences (MuDiS4SL) regroupant 39 équipes de 14 organismes, 4 data centres nationaux (IDRIS, CCIN2P3, CINES et TGCC), 7 data centres régionaux, ainsi que 6 infrastructures nationales productrices de données (​France Bioimaging​, ​France Life Imaging​, ​France Génomique​, ​EMBRC France​, ​FRISBI​, ​Phenomin​).

Au sein de ce projet porté l’infrastructure EMBRC-France et la FR GO-SEA (Tara), le service I4 sera plus particulièrement en charge de mettre en place une solution de stockage, de calcul et de gestion des images pour l’utilisation d’un microscope a feuille de lumiere (SPIM) pour observer le vivant en 3D et en profondeur.

– Stockage et sécurisation des données
– Optimiser les flux des données : (centraliser les données dès l’acquisition, disposer d’une infrastructure physique adaptée, optimisation du réseau, faciliter l’accès et la récupération des données …)
– Optimiser les moyens de traitement et d’analyse des données

Pour faire face à l’augmentation d‘images générées en sciences de la vie, l’équipe à l’origine du projet MutImage a déployé OMERO, une solution logicielle permettant la visualisation et la gestion d’images de microscopie, sur l’infrastructure cloud de l’IFB. Cet outil, conçu pour le partage des images, permet aussi à la communauté locale de bénéficier plus largement des outils d’analyse d’images développés sur la plateforme MICA (Microscopie imagerie Côte d’Azur) et de les coupler à la puissance de traitement des images disponible dans le cloud de l’IFB (grande taille mémoire et nombre de processeurs).

En 2020, le Cristal collectif du CNRS a été décerné à Sophie ABELANET (IPMC-CNRS), Faisal BEKKOUCHE (Laboratoire de Biologie du Développement/IMEV), Christophe BLANCHET (IFB), Frédéric BRAU (IPMC-CNRS) et Sameh BEN AICHA (UCA-IMEV) pour leur collaboration et le travail réalisé dans le projet Multimage.

Dans le cadre de l’innovation sur les voies de signalisation cellulaires (Labex Signalife), la plateforme de microscopie régionale MICA met a disposition de la déconvolution pour tous les instituts en science de la vie de l’UCA en lien avec la BDD Omero avec le logiciel Huygens et son module Core.

La traçabilité est fondamentale pour la recherche scientifique. L’annotation correcte et complète des données et des métadonnées (1) permet un processus de revue approprié, (2) garantit la reproductibilité, un aspect essentiel de la méthode scientifique, et (3) présente la donnée comme une ressource, permettant la réutilisation des connaissances, la reconnaissance du travail du chercheur et d’économiser des ressources précieuses. Pour promouvoir ces aspects, la communauté scientifique, ainsi que les gouvernements ont déployé des efforts et des ressources vers une meilleure pratique dans la science ouverte. Fruit de ces efforts, les principes FAIR définissent les fondamentaux de la traçabilité dans la recherche scientifique.

Malgré ces efforts il y a des défis importants dans l’application de ces principes dans la pratique quotidienne. Ce groupe de travail a pour but de faciliter une transition vers un modèle de gestion de données plus cohérent avec les besoins des différents acteurs de la recherche et en particulier dans le contexte d’une plateforme d’imagerie. Pour cela, le groupe a comme objectifs :

– Recenser les besoins et solutions déjà mises en place sur les différentes plateformes d’imagerie.

– Développer des lignes directrices pour l’homogénéisation et l’exhaustivité de l’annotation des données selon les principes FAIR ainsi que pour l’assemblage des Plans de Gestion de Données.

– Fournir des conseils sur les outils informatiques et les solutions d’infrastructure autour de la gestion de données.

– Organiser des formations autour de l’utilisation des solutions de gestion de données dédiées au personnel de plateforme en imagerie.

– Faire le lien avec les infrastructures nationales qui ont un rôle important dans la mise en place des solutions pour la gestion de données biologiques en imagerie, en particulier l’Institut Français de Bio-informatique (IFB) et France Bio Imaging (FBI).

Cette ANF a pour objectifs de dynamiser et diffuser la culture des données FAIR (Faciles à trouver, Accessibles, Interopérables, Réutilisables), valoriser les services et outils existants, et accompagner la création de nouvelles pratiques, de nouveaux services et de nouveaux outils.

      Nous allons former les stagiaires à la gestion FAIR de données qui apprendront à manipuler leurs images (avec des situations concrètes et des exercices) au travers la base de données OMERO comme outil principal de gestion de données pour la microscopie et pendant tout le cycle de vie de la donnée : de l’acquisition à la publication. Le cycle de vie de la donnée sera aussi le fil conducteur de la formation.

      Cette ANF est une formation de formateurs. Effectivement, les ingénieurs en plateforme d’imagerie seront les premiers utilisateurs d’OMERO et formeront eux-mêmes les utilisateurs générateurs de données sur leur plateforme. Il est alors important et stratégique de disséminer les bonnes pratiques dès la première brique du workflow en imagerie. Sur la base de cet objectif il est essentiel d’organiser cette ANF sur 3 jours afin de :

       – Dépenser plus de temps sur la pratique de certaines fonctionnalités très appréciées par les utilisateurs d’OMERO, tel que OMERO-figure, OMERO-parade et la recherche avancée.

       – Approfondir sur certains aspects de l’infrastructure informatique du serveur. Cela permet de comprendre et mieux assimiler le fonctionnement d’OMERO. De plus, cette compréhension est cruciale pour pouvoir dépanner les utilisateurs et mieux communiquer avec la communauté des développeurs et utilisateurs.

• Former à l’administration de groupes et à la gestion de droits d’accès.
• Former aux analyses d’image à travers OMERO
• Prévoir une présentation par un des développeurs d’OMERO concernant les perspectives d’avenir. Cela est un aspect crucial car il y a des évolutions importantes dans la feuille de route de l’outil.
  
  

Pendant cette formation on envisage d’illustrer tout le potentiel d’OMERO afin de publier les images et les données associées ainsi que les workflows d’analyse. À travers des démonstrations et des exercices pratiques, nous montrerons comment utiliser OMERO pour créer des chiffres à publier, publier des données et des métadonnées, soit pour les visualiser sur un site Web, soit pour les rendre accessibles selon les principes FAIR.

Correspondant EMBRC France qui est membre du club des INBS.
Ce groupe de travail opérationnel a été constitué pour aborder la question de la gestion des données de recherche conformément aux principes FAIR à l’échelle national.